根据上海高校布局结构调整规划，2008年8月学校将搬迁至上海临港新城，新校区规划占地面积约1670亩，规划建设面积58.6万平方米。站在新起点，上海海洋大学在提升水产、食品等特色学科的同时，还将拓展新型海洋学科，着力聚焦海洋生物资源、海洋环境、数字海洋三大领域。根据学校的学科发展策略，到2012年建校一百周年时，将基本建设成为海洋、水产、食品等学科优势明显，农、理、工、经、文、管等多学科协调发展，科研教学并重，在国际上有重要影响的高水平特色大学。